С висше образование е най-горната част на ниво в образователната система на Белгия, правителството наблегне повече да се уверите, че живота на учениците е толкова просто, колкото е възможно чрез заем и безвъзмездна помощ програми. Те предлагат спонсори за международни студенти с бедните и уязвими среди, които биха искали да учат в тази страна.

Магистратурите по естествени науки или MSc са образователни програми, които съответстват на международен стандарт, и осигуряват на студентите необходими знания в съответна област на знания. Повечето магистърски програми MSc продължават до две години, след което завършилите може да продължат образованието или да изграждат професионална кариера.