Уганда е домакин на най-стария университет в Източна и Централна Африка, което е Макерер университет. Този университет е център на академични постижения в продължение на няколко десетилетия, не само за учениците, но и Ugandans други студенти в региона. Уганда има над 30 държавни университети.

Магистратурите по естествени науки или MSc са образователни програми, които съответстват на международен стандарт, и осигуряват на студентите необходими знания в съответна област на знания. Повечето магистърски програми MSc продължават до две години, след което завършилите може да продължат образованието или да изграждат професионална кариера.